Lors d'un Nintendo Direct, Satoru Iwata, a expliqué le fonctionnement de la mémoire Flash qui est inclut dans la console. Dans le pack de 8 Go, seuls 3,2 Go sont disponibles pour l'utilisateur, le reste étant nécessaire pour les fichiers système ainsi que les profils des joueurs. Dans le Premium Pack de 32 Go, 24.8 Go sont accessibles seulement.

Pour bénéficier d'un espace plus large, il est possible de brancher une clé USB ou bien un disque dur externe (jusqu'à 2 To).