Evoluant dans un univers gothique assez étrange, Pandora Hearts met en scène le jeune Oz Vessalius, 15 ans, héritier d’un des quatre grands duchés du pays. Alors que se prépare la cérémonie de passage à l'âge adulte, Oz se sent attiré par une monstre à goussets, attachée à une mystérieuse tombe, et est en proie à de mystérieuses visions, qui semblent pour le moins réels. Le jour de la cérémonie, des individus masqués s'invitent à la fête et enlèvent Oz. Désormais dans l'Abysse, un monde sombre et loin de tout, il a été condamné pour un crime dont il ignore tout.

Après être sorti de l'Abysse, Oz est recueilli chez les étranges Rainsworth, en réalité membres de l'organisation Pandora. Depuis sa virée  en dehors du temps et de l'espace, Oz retrouve un monde qui pour le moins changé. Plus inquiétant, un tatouage est apparu sur le torse d'Oz, représentant le cadran d'une horloge. Lorsque l'aiguille aura fait un tour complet, ce dernier sera propulsé au plus profond de l'abysse. Nous n'en sommes pas encore là cependant, l'aiguille avançant très doucement pour le moment. Mais Gilbert prend conscience que la fin d'Oz se précise. Vincent Nightray tente de pousser son frère à éliminer Alice, mais ce dernier semble s'être attachée à elle. Loin de tout cela, Oz se rend finalement à Sablier, là où ses aventures (ou péripéties) ont débuté. Pendant ce temps, les faucheurs pourpres, prêts à tout pour retrouver leur maître, se sont lancés à la recherche des cinq sceaux qui retiennent l’âme de Glen Baskerville prisonnière . Alors que Xerxes se lance à la poursuite du Chasseur de Têtes, il tombe sur le corps sans vie de Reim, mortellement blessé par Lily. Fou de colère, le chapelier se jette sur les Baskerville, bien décidé à venger son vieil ami …