La coalition menée par les Shinobis devra lutter contre des revenants, plus exactement des ninjas d'élite ramenés à la vie. Pour ne rien arranger, tous ces ninjas sont comme envoutés par le malin, ce qui promet de multiples affrontements à venir. La première bataille mettra d'ailleurs en scène le 1er bataillon dirigé par le commandant Darui face aux frères Kinkaku et Ginkaku, deux ninjas légendaires du village caché des Nuages. L'issue semble bien incertaine et Naruto est attendu d'urgence pour aider ses amis. Pour l'attirer dans un piège et conscient des nouvelles facultés de son adversaire, Madara a lancé les Zetsu Blancs qui cause une certaine confusion dans les champs de bataille. Mais Naruto est en mesure de détecter les ennemis facilement, et parvient sans trop de difficulté à destination. La situation n'est pas plus apaisée du côté de Gaara et Onoki, qui devront affronter les anciens Kage.

Naruto et Bee vont poursuivre leur route pour mettre au fin à ce conflit, cependant ils devront combattre un duo de taille, composé par Itachi et Nagato ! Ramené à la vie par Aktasuki, l'ancien Mizukage a réussi à percer la défense de Gaara, et malgré le renfort d'Onoki, la situation n'a jamais semblé aussi compliquée. Naruto se retrouve bientôt face à Madara, tandis que ses clones sont déployés sur tous les fronts. Face aux six Bijûs que déploie Madara, Naruto semble vite débordé, mais Bee, Kakashi et Gaï viendront lui prêter main forte. Reste que Yonbi, le démon à queues, profite de la situation pour prendre le contrôle de Naruto. Face à son côté obscur, il retrouve un gorille nommé Son Gokû. Sans doute pas un hasard. De leur côté, les cinq Kage réunis ne parviennent pas à repousser les assauts répétés de Madara. Face à cette immense défi, Tsunade va s'affirmer et ne pas hésiter à enfreindre les préceptes du Ninjustu médical. En parallèle, Sasuke et son frère décédé Itachi ont décidé de s'unir pour arrêter Kabuto, le responsable de tous les évènements passés, présents et future. Contre toute-attente, Itachi parvient à briser le sort de nécromancie Edotensei, et à neutraliser Kabuto. Alors qu'il s'apprête à tirer sa révérence, Itachi livre ses derniers conseils à Sasuke ...