Nouvelle Caprica est envahie par les Cylons qui instaurent la terreur. Le nouveau président, Gaïus Baltar, est contraint de se rendre et de collaborer avec l'ennemi. Cependant, une partie de la population va s'opposer à ce nouveau régime. Un groupe de résistants se forme et s'organise afin de déstabiliser et combattre les Cylons. A la tête de ce groupe, Tigh, Tyrol et Anders vont mêner des batailles toujours plus violentes. Dans l'espace, le Galactica un temps introuvable, va tender de porter secours à ses semblables. Cette troisière saison fut tournée en 2006-2007 et comprend 20 épisodes réunis sur 5 DVD. Le programme est toujours inédit en hertzien.

1 - Resistance (The Resistance)
2 - Mission suicide (Occupation)
3 - Exodus 1ere partie (Exodus part 1)
4 - Exodus 2nde partie (Exodus part 2)
5 - Le Cercle (Collaborators)
6 - La Tête de Lion (Torn)
7 - La balise (A Measure of Salvation)
8 - Héros (Hero)
9 - Le Grand Combat (Unfinished Business)
10.Le Passage (The Passage)
11.L'Oeil de Jupiter (The Eye of Jupiter)
12.Extase (Rapture)
13.L'Interrogatoire (Taking a break from all your worries).
14.Les Sagitarrons (The Woman King)
15.Un Jour Particulier (A Day in the Life)
16.Grève Générale (Dirty Hands)
17.Ouragan (Maelstrom)
18.La Chute de Son Olso (The Son Also Rises)
19. Crossroads 1ere partie (Crossroads part 1)
20. Crossroads 2nde partie (Crossroads part 2)

A noter dans les bonus l'épisode pilote de la série Heroes.