StarGate Atlantis est ce qu'on appelle un spin off (ou dérivé) de la série StarGate SG-1. Elle met en scène une toute nouvelle équipe formée par le Dr Weir et dirigé par la Major Sheppard. En réalité ses prémices démarrent en fin de saison 7 de StarGate quand la base secrète des Anciens est découverte en Antarctique. Une équipe va être formée et envoyée vers la galaxie Pégase pour enquêter  et découvrir les secrets des Anciens.

Peu après une ville est découverte au milieu des ruines et on la soupçonne  d'être la mythique cité d'Atlantis. Seulement voilà, la galaxie Pégase est à des années lumière de la Terre et il va être difficile de s'y rendre. C'est pourquoi le colonel, pardon le général, Jack O'Neill va envoyer une équipe en reconnaissance, une équipe qui ne pourra peut être pas rentrer sur Terre vu la quantité colossale d'énergie qu'il faudra dépenser pour se rendre là bas.

Arrivée sur Atlantis, bien vite les problèmes vont survenir, et la cité émergée va peu à peu perdre de sa puissance jusqu'à remontée à la surface de la planète. Pire, ils vont découvrir une nouvelle menace, les Wraiths, des barbares qui se nourrissent de l'énergie vitales des humains, grâces à des sortes de ventouses situées sur leurs mains. Les Wraith sont de plus très avancés technologiquement, presque autant que les Anciens, ce qui représente un grave danger pour nos personnages. La dure réalité ne s'arrête pas là car les Wraith disposent de capacité psychique importantes permettant de rendre confus l'esprit humain, et possèdent une régénération génétique importante. Il va être difficile de s'en débarasser même si on peut compter sur la technologie des Anciens (à condition que Mckay arrive à s'en servir).

Dans les premiers épisodes vous ferez également la rencontre de la race des Athosiens, dirigée par Teyla qui viendra vite rejoindre vos rangs. Ce peuple n'a en effet pas d'autre choix que de venir sur Atlantis sous peine d'être décimer par les Wraith. Pour les déplacements vous pourrez compter sur le Puddle Jumper, un vaisseau construit par les Anciens et qui se dirige grâce à la pensée.

Cette saison 1 comprend les épisodes suivants : Une nouvelle ère (le pilote en deux parties), Invulnérable, Trente Huit minutes, Soupçons, La fin de l'innocence, Sérum, Retour sur Terre, Apparences, En pleine tempête (en deux parties), Duel, Virus,  Hors d'Atteinte, Le Grand sommeil, la Communauté des Quinze,  Lettres de Pégase, Le cadeau, le Siège (partie 1 et 2).