Lors d'un voyage en Afrique aux abords du Lac Tanganyaka au coeur du Ngorongoro (Tanzanie), un paléontologue découvre l'entrée d'une caverne habituellement cachée par les eaux. Il y découvre des peintures rupestres, mais son attention se porte très vite sous le lac, où une étrange lueur se fait sentir. Sans hésiter, il décide de plonger et débarque dans une salle secrète, appartenant à une civilisation inconnue. Il s'agit en réalité du Sanctuaire du Gondwana,  une civilisation perdue, secrète, multimillénaire, plus ancienne que les Dinosaures. Bien mal lui prend de dérober la bague d'une statue car un laconique bruit se fait sentir, ce qui ne manque pas d'alerter les gardes. Mais, il parvient à s'en sortir sans trop de dommages. Trois mois après, nous retrouvons le professeur Mortimer passant sa visite médicale à Londres. En sortant de sa chamre, il rencontre Nastasia, qui lui annonce avoir analysé la roche rammené d'antarctique dans le tome précédent. L'occasion de découvrir que la Terre était déjà peuplé il y a plus de 350 millions d'années. Après un petit détour chez Blake, Mortimer décide de fouiller les archives du DailyMail, afin de peut être trouver un article intéressant. C'est le cas puisque la bague consignée par le paléontologue présente des inscriptions identiques à celle de la roche multimillénaire. Il est temps de lui rendre une petite visite.

Le Sanctuaire du Gondwana reprend pas mal d'éléments scénaristiques du précédent épisode. Mieux vaut donc l'avoir lu avant de parcourir cette nouvelle BD, sinon certaines scènes pourront se montrer étranges. Le comportement de Mortimer par exemple qui ne semble plus être lui même. Olrik non plus d'ailleurs. Quant au capitaine Francis Blake, il est peu présent cette fois-ci.