Contra 4 conserve un défilement en 2D à l'instar des précédents opus mais certains passages sont en 3D, un peu comme dans Super Turrican 2 (Super Nintendo). Le personnage a la possibilité d'employer des véhicules comme dans Contra 3, et le style graphique du jeu a d'ailleurs été approuvé par le réalisateur de ce dernier. Signalons également que le jeu est a connu quelques modifications par rapport à la version DS, mais que les musiques sont des remix de thèmes déjà existants. A noter par ailleurs qu'il s'agit de la première fois que Contra 4 est commercialisé en Europe, puisque Konami n'avait pas souhaité localiser la version DS, conséquence de la popularité très relative de la série Contra sur le Vieux Continent. En effet, Contra a longtemps été connu en Europe sous le nom de Probotector (Contra III = Super Probotector), ce qui n'était pas uniquement un simple changement de nom, puisque les personnages principaux ainsi que les ennemis, avaient été transformés en robots dans la version PAL (afin d'éviter une classification d'âge trop élevée à l'époque).