Evoluant dans un univers gothique assez étrange, Pandora Hearts met en scène le jeune Oz Vessalius, 15 ans, héritier d’un des quatre grands duchés du pays. Alors que se prépare la cérémonie de passage à l'âge adulte, Oz se sent attiré par une monstre à goussets, attachée à une mystérieuse tombe, et est en proie à de mystérieuses visions, qui semblent pour le moins réels. Le jour de la cérémonie, des individus masqués s'invitent à la fête et enlèvent Oz. Désormais dans l'Abysse, un monde sombre et loin de tout, il a été condamné pour un crime dont il ignore tout.

Après être sorti de l'Abysse, Oz est recueilli chez les étranges Rainsworth, en réalité membres de l'organisation Pandora.  Oz et Alice doivent affronter leur première mission, c'est à dire retrouver un contractant illégal qui fait des ravages dans une ville voisine. Oz accepte et espère que cette occasion sera le moyen de découvrir le crime dont l'accusent les Baskerville. Mais Oz devra également prendre soin de ses arrières. Depuis sa virée dans l'Abysse, le monde a changé et le comportement de certains personnages également. Plus inquiétant, un tatouage est apparu sur le torse d'Oz, représentant le cadran d'une horloge. Lorsque l'aiguille aura fait un tour complet, ce dernier sera propulsé au plus profond de l'abysse. Nous n'en sommes pas encore là cependant, l'aiguille avançant très doucement pour le moment. Non, Oz est davantage préoccupé par le contractant, qui s'avère être le père d'un de ses anciens amis. C'est donc Alice qui mènera les hostilités contre lui, l'occasion d'apercevoir sa véritable apparence de lapin. Après un rude combat, on découvrira que d'obscures forces oeuvrent en coulisses et qu'Oz n'est pas encore au bout de ses aventures ...