Nintendo annonce que la mise à jour 1.3.0 pour F-Zero 99 sera publiée le 28 mars. Elle contient des pistes en miroir pour Knight League et Classic Mini Prix. Les itinéraires miroirs pour la King League et la Queen League seront également publiés ultérieurement. Avec l'aide d'un assistant de pilotage, vous devriez être en mesure de mieux diriger votre planeur dans les virages et autour des obstacles. Le mode entraînement a été étendu et vous pouvez gagner des récompenses avec des défis à durée limitée. Enfin, quelques nouvelles réalisations ont été ajoutées.