Le scénario inédit de Kiwami commence trois mois après la conclusion du jeu Toukiden original, en présentant plus en détails la complexe hiérarchie de l'organisation des Slayers. Les joueurs découvrent ainsi une unité de Slayers d'élite, le Hundred Demon Corps et leur capitaine héroïque, Soma. Soma a fait ses preuves lors des guerres de l'Éveil et il conduit à présent la troisième compagnie vers le village d'Utakata afin de l'aider à résister aux Onis qui approchent vers le nord. Son arme de prédilection est un énorme gourdin clouté. Ses hommes lui vouent une loyauté sans faille, qu'il a méritée en combattant avec force et bravoure.  Il voyage avec Reki, une jeune Slayer qui maîtrise à la perfection sa naginata. Reki est arrivée du village de Shiranui pour rejoindre le Hundred Demon Corps et elle a rapidement démontré qu'elle était capable de garder la tête froide en plein combat, ce qui la rend d'autant plus efficace.

Le dernier des nouveaux Slayers à rejoindre l'équipe de Toukiden: Kiwami est la douce et pourtant mystérieuse Horo ; elle n'a que peu de souvenirs de son passé, mais elle est subitement apparue à Utakata pour y combattre les Onis. Horo transporte avec elle une arme inédite dans l'arsenal de Toukiden : un énorme fusil. Malgré sa taille, cette arme est d'une grande puissance et d'une grande précision, et elle offre une alternative intéressante aux arcs, tirant des projectiles classiques mais aussi des grenades.

En plus des nouvelles armes et des nouveaux personnages, Toukiden: Kiwami accueille un plus grand nombre de Mitamas (300 au total, contre 200 dans le titre précédent). Les Mitamas sont les âmes libérées des héros qui sont tombés au combat et qui s'associent aux Slayers pour les aider à combattre les Onis. Les joueurs peuvent équiper ces âmes et profiter de leurs pouvoirs, en les améliorant jusqu'au niveau 12 (deux fois plus que dans Age of Demons). En améliorant au maximum une Mitama, le joueur profite de bonus et de pouvoirs supplémentaires qui l'aideront à vaincre les Onis.

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