Un jeune footballeur, Leslie Konda, se rend avec son agent, Didier, au pays de sa mère pour rapporter ses cendres à son village d'origine. Alors qu'il vient de signer son premier d'attaquant dans un grand club espagnol, Leslie voit sa notoriété dépasser les frontières, et ses origines du Botswanda, petit état pauvre d'Afrique centrale, lui valent une invitation par le Président de la République en personne, Bobo Babimbi, un passionné de football fraichement installé au pouvoir après un coup d'état militaire Ils vont peu à peu se rendre compte du caractère dictatoriale du président qui va perturber leur relation. Le président veut le faire jouer dans l'équipe nationale de son pays et est prêt à tout pour y arriver, à commencer par corrompre Didier.

Dans le Crocodile du Botswanga, les clichés ne manquent pas. Tout le monde en prend pour son grade (les dictatures africaines, les nostalgiques du temps colonial, le racisme latent,etc), et les plus gradés ne sont pas en reste. Le jeu avec les stéréotypes ne déclenche pas toujours le rire, mais le film affiche une certaine audace pour tacler tout ce qui bouge à grand coup de caricatures.