A cause de l'échec de la tentative de ramener leur mère à la vie, les frères Edward et Alphonse Elric sont marqués pour le reste de leur existence. L'un d'eux perd la vie et ne peut continuer à exister que dans une armure métallique, l'autre reçoit des membres artificiels. Les deux sont acceptés par les alchimistes de l'État afin qu'ils puissent recevoir une éducation adéquate. Cela leur donne également la possibilité de rechercher la "pierre philosophale". Ils se rapprochent assez de leur objectif lorsqu'ils rencontrent un groupe de personnes qui y travaillent. Le tout se termine presque par une débâcle, mais ils peuvent être sauvés. Cependant, Alphonse en particulier se retrouve avec des questions, ce qui conduit à une grave crise entre lui et son frère.

Ce tome douze contient les chapitres 67 à 72 du manga, dépassant le méridien de l'histoire et libérant les réponses à de nombreuses inconnues précédemment soulevées. Dans ce numéro, nous retrouvons les frères Elric à Briggs, sous la tutelle du général Armstrong. Après leur rencontre avec l'homonculus et la découverte des tunnels qui s'étendent sous Briggs, les frères Elric et le général du froid étudient les tunnels jusqu'à ce qu'ils arrivent à une terrible conclusion : le tunnel n'est pas une infiltration de Drachma, le pays voisin, mais un "dessin" qui relie les points de conflit de toute l'histoire d'Amestris. Un dessin qui trace sur l'ensemble de la nation un immense cercle de transmutation, grâce auquel toute la population du pays pourrait être transformée en pierre philosophale. Avec cette révélation en main et la conclusion que pendant toute l'histoire d'Amestris ses habitants n'ont été que des marionnettes du groupe du roi Bradley, un visiteur très particulier arrive à Briggs lorsque Kingsley, l'alchimiste cramoisi, arrive en compagnie de Raven, un commandant d'armée aux objectifs peu clairs. Après avoir été informé de la situation réelle, le général Armstrong se met en scène devant Raven et Kingsley, tandis que ce dernier amène Winry à Briggs afin de placer les frères Elric sous son contrôle... La situation est tendue dans le Nord, toutes les vérités sont sur le fil de l'épée. Comment Armstrong et ses hommes vont-ils s'en sortir ? Quels sont les plans de Bradley pour le Nord et ceux de Kingsley ? Les Elriques parviendront-ils à rejoindre Scar et Mei pour apprendre l'alchimie Waidan ?  Quelle horreur se cache dans le tunnel sous Briggs ? Nous avons également la merveille des crayons d'Arakawa, accompagnés d'un nouveau lettrage dans cette édition, qui est toujours composé de traits fins et définis, ce qui donne des pages avec une structure claire et concise.