Après les événements de la saison 1, Picard est retourné à sa résidence de campagne, mais il est désormais également chancelier de l'Académie de Starfleet. Après un rapprochement romantique avec Laris, il s'éloigne à nouveau d'elle et discute de sa réserve avec Guinan, son ancienne amie. Auparavant, il venait de prononcer un discours à l'Académie de Starfleet, en présence notamment de Raffi et Elnor, membres de son équipage de la saison 1. Pendant ce temps, Chris Rios est devenu capitaine et enquête sur une anomalie subspatiale. Agnes Jurati et Seven of Nine sont également sur place. Ils captent un message radio de l'anomalie, qui indique que l'espèce qui se trouve derrière veut rejoindre la Fédération, mais ne veut parler qu'à Picard. Ce dernier se rend donc sur place pour découvrir qu'il s'agit des Borgs et qu'ils commencent immédiatement à assimiler le vaisseau. Picard déclenche encore l'autodestruction. Il se retrouve ensuite chez lui, mais tout est différent et... Q apparaît. Il lui dit qu'il doit chercher le pardon, mais Picard ne sait pas pourquoi. Il découvre rapidement que Q a modifié la ligne temporelle et que l'ancienne Starfleet est désormais une organisation intolérante, oppressive et conquérante. Les autres aussi s'y réveillent désormais et découvrent la nouvelle réalité, Seven of Nine / Annika étant désormais chancelière. Au cours de l'intrigue, ils apprennent qu'ils doivent voyager dans le passé avec la reine des Borgs pour remettre cette réalité sur les rails.

La série se déroule environ un an et demi après la première saison et le premier épisode commence, après un petit aperçu, par le rapprochement de Laris et de Picard, puis par le fait qu'il la repousse. Ce début montre le côté humain de Picard et devrait se poursuivre tout au long de la saison, de sorte que nous apprenons à connaître Picard de mieux en mieux, en particulier son passé. Son équipage de la saison 1 est à nouveau impliqué et des visages connus sont montrés à plusieurs reprises, parfois dans le rôle d'ancêtres. C'est parfois peu crédible et un peu irritant par endroits. Après le premier épisode, l'intrigue s'accélère assez rapidement et les événements se succèdent d'abord coup sur coup. Par la suite, les choses se calment un peu, même si elles sont parfois très lentes. Il y a toujours des obstacles qui ralentissent l'intrigue générale. Les intrigues de base d'une réalité alternative maléfique et d'un voyage dans le temps ne sont vraiment pas nouvelles dans le genre de la science-fiction et de Star Trek. C'est un peu décevant, car on attend beaucoup plus d'une légende. L'introduction de Q permet toutefois à d'anciens adversaires de se rencontrer, ce qui est à nouveau intéressant - d'autant plus qu'il devient de plus en plus évident au cours de la saison qu'il pourrait s'agir de leur dernier "duel". Entre-temps, les relations des uns et des autres sont examinées et il y a là aussi quelques développements. Mais dans la plupart des cas, cela ne nous a pas vraiment enthousiasmé, car il n'y avait pas assez de choses pour cela et il n'y avait souvent rien de nouveau.