Shojo de son état, l'Académie Alice narre les aventures de Mikan et Hotaru, deux jeunes filles élevées ensembles dans un petit village à la campagne, et meilleures amies du monde. Mais un jour, Hotaru change soudainement d'école pour intégrer une académie à Tokyo. Mikan décide de suivre Hotaru et se retrouve devant l'Académie Alice. Celle-ci est une école élitiste, où n'est admis qu'un genre très particulier de surdoués. En effet, les élèves possèdent des pouvoirs spéciaux appelés Alice, et il leur est interdit de sortir de l'école ou de communiquer avec leurs proches.

Mikan découvre que son second alice est celui du vol, voilà qui promet pour la suite. Car le directeur du Primaire est conscient du bien précieux que représente cet Alice, et a l'intention de le dérober. M.Narumi propose à Mikan de s'enfuir avant qu'il ne soit trop tard.  Mais Subaru, le grand frère d'Hotaru, arrive alors en ennemi car il est manipulé par l'alice suceur d'âme. Hotaru annonce à Mikan qu'elle va rester, afin de libérer son frère. Puis, c’est l'heure des adieux avec Natsumé.