Coco est un jeune orphelin rêvant de devenir un pirate, à l'instar de son idole, le Capitaine Bart du Sweet Madonna. Lors d'une mission (la quête de Falcon), Crazy Bart croise par hasard Coco, et découvre que ce jeune garçon pourrait bien être utile pour la suite de ses aventures. Pourchassés par le Capitaine Spado et son fils Cafel, la chasse au trésor va prendre un tout autre visage. Après avoir mis en déroute les membres d'Immacula, le Sweet Madona a repris sa route vers de nouvelles aventures, et plus particulièrement vers la recherche des pierres de forces vive. Mais le chemin vers la mystérieuse cité de l'arc-en-ciel n'est pas une sinécure, et Zagi l'illusionniste vient les mettre en garde contre les dangers de lieux ...

Arrivée à l''Arc-en-ciel, l'équipage ne sait pas quelle sera la conséquence si Rogue active le dit mécanisme. Après des hésitations, Bart interviendra, et tout le monde découvrira que les métathérium sont devenus totalement inefficaces. En outre, un immense rayon lumineux est descendu du ciel, visant une destination inconnue. Afin de découvrir ce qui se trame réellement, les pirates décident de lever le voile et de suivre la mystérieuse lumière. Mais la route s'annonce encore bien longue et la face du monde pourrait bien s'en trouver changée. Bart va en effet découvrir des informations très sensibles, et un grand conseil réunissant les plus importants dirigeants de la planète est organisé ! Etant donné que personne ne veut - ou n'a les moyens de - lutter contre le terrifiant Leitz Wise, Bart devra s'assurer tout le travail. L'équipage du Sweet Madonna, accompagnés des membres de Red Skele et du Clobird, font désormais route vers l'île mystérieuse où la fin de Full Ahead Coco est sur le point de s'écrire.  Mais l'armada sera plusieurs fois stoppée par des hordes de métathériums qui surgissent des flots. Pire, des gigathériums ne vont pas tarder à émerger, et provoquer de nombreuses pertes dans les rangs des pirates. Zaurus, le gigathérium de Coco, parviendra un temps à rivaliser avec l'ennemi, avant lui aussi de tomber au combat. L'île mystérieuse n'est désormais plus très loin, mais un rempart d'eau l'entoure et il va falloir le contourner pour pouvoir y pénétrer.