Le monde des LEGO ne s'en ai jamais remis. Il y a cinq ans, après avoir vaincu Lord Business, des aliens se sont rendus dans LEGO City et l'ont détruite. Dès qu'une reconstruction était tentée, les aliens de la planète Duplo revenaient et détruisaient à nouveau les lieux. Les personnes qui ont tenté de sauver leur univers ont disparu. Cinq ans plus tard, le monde a changé. Les habitantes de LEGO City vivent au sein d'un désert avec les ruines qui ont pu être sauvées. Le monde est brutal, sans espoir ni faiblesses. Seul Batman est capable de protéger leur monde. Mais Emmet, lui, reste positif et essaie de créer un peu de beauté au sein de son monde. Du moins, jusqu'à ce que les aliens reviennent.

Ce second film reprend immédiatement à la fin du premier. Il fonctionne exactement sur le même type d'humour. Au travers des LEGO, de nombreuses références sont mises en place envers la pop culture (avec l'arrivée de Bruce Willis notamment). Ces références fonctionnement très bien, malgré quelques moments moins réussis. Bien entendu, le film prend en compte l'âge des protagonistes humains puisque le nouveau monde LEGO est créé sur une base dystopique qu'un enfant de dix ans ne va pas connaitre. Les aliens quant à eux, sont basés sur les gammes LEGO Friends et les Duplos. Le long métrage fonctionne aussi sur une double intrigue. La première, celle qui concerne les LEGO, implique l'union entre deux mondes différents qui ne se comprennent pas. Cette union se forme au sein d'un mariage que certains personnages essaient d'arrêter. La seconde intrigue se base sur celle-ci pour parler de la vie de famille. L'une des parties est contrôlée par un jeune adolescent, le second univers par une jeune fille. Les deux ne jouent pas avec les mêmes gammes de LEGO mais la jeune fille souhaite toutes les relier afin de jouer avec son grand frère. C'est le refus de ce dernier, qui pense avoir des histoires plus intéressantes, qui crée l'intrigue du film. Ainsi, là où le premier défendait l'imagination le second défend l'union des différences.