Shojo de son état, l'Académie Alice narre les aventures de Mikan et Hotaru, deux jeunes filles élevées ensembles dans un petit village à la campagne, et meilleures amies du monde. Mais un jour, Hotaru change soudainement d'école pour intégrer une académie à Tokyo. Mikan décide de suivre Hotaru et se retrouve devant l'Académie Alice. Celle-ci est une école élitiste, où n'est admis qu'un genre très particulier de surdoués. En effet, les élèves possèdent des pouvoirs spéciaux appelés Alice, et il leur est interdit de sortir de l'école ou de communiquer avec leurs proches.

Dans ce nouvel opus, l'école est en ébullition suite à l'enlèvement de Natsume et la résolution de l'enquête (sic). Et si cela ne suffisait pas, il faut désormais préparer le festival culturel. Mikan éprouve toujours des difficultés à maîtriser son alice, et son professeur, plutôt concentré sur son futur voyage dans le temps, la laisse rapidement toute seule. Mikan décide d'aller voir Natsume, mais son humeur légendaire ne va pas aider.