Shojo de son état, l'Académie Alice narre les aventures de Mikan et Hotaru, deux jeunes filles élevées ensembles dans un petit village à la campagne, et meilleures amies du monde. Mais un jour, Hotaru change soudainement d'école pour intégrer une académie à Tokyo. Mikan décide de suivre Hotaru et se retrouve devant l'Académie Alice. Celle-ci est une école élitiste, où n'est admis qu'un genre très particulier de surdoués. En effet, les élèves possèdent des pouvoirs spéciaux appelés Alice, et il leur est interdit de sortir de l'école ou de communiquer avec leurs proches.

Dans ce tome, Mikan pensait avoir réussi à se rapprocher de Natsumé, mais ce dernier a changé brusquement de comportement. En outre, Yû Tobita, le délégué de classe, a perdu son pouvoir et se retrouve exclu de l’Académie. Hotaru, la meilleure amie de Mikan, est hospitalisée et son état jugé préoccupant…