Condamné à mort pour meurtre, Callum Lynch se voit offrir une seconde chance par les laboratoires Abstergo Industries. Grâce à une technologie révolutionnaire qui libère la mémoire génétique contenue dans son ADN, il revit les souvenirs de son ancêtre Aguilar de Meriba, membre de la société secrète des Assassins à l'époque de l'inquisition espagnole. Les Assassins s'opposent aux Templiers qui désirent mettre la main sur une pomme ancestrale afin d'asservir l'humanité. En retournant en 1492 dans la peau de son ancêtre, Callum doit retrouver un important garçon et éviter que la pomme ne tombe entre de mauvaises mains. En passant régulièrement du passé au présent, le prisonnier en apprend de plus en plus sur les intentions de ses sauveurs.

Assassin's Creed affiche une très belle fusion d'images numériques avec des décors, des paysages et des scènes d'action entre les personnages réels. Le concept de combat entre deux philosophies est également intéressant, au lieu de celui du bien contre le mal. Les Templiers veulent supprimer le libre arbitre chez les humains pour obtenir leur soumission après avoir essayé et échoué avec le consumérisme. La trame rappelle parfois Matrix sans doute et aussi le film Dune qui fut le premier à aborder la possibilité de communiquer avec des ancêtres génétiques. Seul reproche, un manque d'enchaînement entre certaines scènes, qui semblent avoir été carrément supprimées, ce qui rend la compréhension de quelques passages un peu illogique si vous n'êtes pas familier du jeu vidéo.