Le patch 1.04 pour la collection Sonic Origins est sorti. Il corrige quelques problèmes très gênants, comme Tails qui disparaissait de l'écran et n'apparaissait plus dans Sonic 2. Les points principaux corrigés par cette mise à jour sont les suivants :

• Nouvelles fonctionnalités ajoutées à Sonic The Hedgehog 3 & Knuckles Sound Test
  
• Problèmes de plantage du jeu
  
• Problèmes avec l'IA de Tails dans Sonic The Hedgehog 2
  
• Bugs sonores qui ont modifié les chansons incluses dans le pack de musique classique
  
• Problèmes de menu et controles
  
• Mauvais crédits de musée
  
• Problèmes d'enregistrement des données

Le patch est désormais disponible en téléchargement sur consoles et PC.