A cause de l'échec de la tentative de ramener leur mère à la vie, les frères Edward et Alphonse Elric sont marqués pour le reste de leur existence. L'un d'eux perd la vie et ne peut continuer à exister que dans une armure métallique, l'autre reçoit des membres artificiels. Les deux sont acceptés par les alchimistes de l'État afin qu'ils puissent recevoir une éducation adéquate. Cela leur donne également la possibilité de rechercher la "pierre philosophale". Ils se rapprochent assez de leur objectif lorsqu'ils rencontrent un groupe de personnes qui y travaillent. Le tout se termine presque par une débâcle, mais ils peuvent être sauvés. Cependant, Alphonse en particulier se retrouve avec des questions, ce qui conduit à une grave crise entre lui et son frère.

Le quatrième volume de Fullmetal Alchemist Perfect voit l'accouchement réussi d'un petit garçon, en partie grâce à Winry. On pourrait penser qu'elle obtiendrait son apprentissage pour avoir aidé à mettre au monde le petit-fils de Dom; cependant, il n'embauchera toujours aucun apprenti. Malgré cela, il donne à Winry une astuce pour savoir où trouver un mécanicien d'automail avec lequel elle pourrait s'entraîner à Rush Valley. C'est là qu'ils se séparent alors qu'Ed et Al vont rencontrer leur professeur Izumi. Izumi veut savoir ce qui s'est passé entre Ed et Al depuis la dernière fois qu'elle les a vus. Le reste du volume finit par être un flashback qui détaille le passé d'Ed et d'Al. Cela montre comment ils ont commencé à apprendre l'alchimie après que leur père Hohenheim ait quitté la maison. Le tome montre également comment ils ont essayé de transmuter un humain après que leur mère soit décédée d'une maladie et aient échoué, ce qui a fait qu'Ed a perdu son bras et sa jambe et qu'Al a perdu tout son corps. Mais avant d'en arriver là, on nous montre comment Izumi a aidé à sauver Risembool des inondations et cela a suscité l'intérêt d'Ed et Al pour s'entraîner sous ses ordres. Izumi les accepte à contrecœur comme apprentis et les oblige à suivre une formation dure et stricte. C'est cette formation qui les amène à tenter la transmutation humaine. Après l'incident, le volume se termine par une enquête militaire et le colonel Mustang les initie à l'examen d'alchimiste d'État qu'ils finissent par réussir, ce qui vaut à Ed le surnom de The Fullmetal Alchemist. L'histoire ici s'est peut-être arrêtée en progression au profit d'un flashback mais elle a vraiment ouvert les portes sur les personnages d'Ed et Al. Pour cette raison, il s'agissait principalement d'un volume sur le développement des personnages, mais il a été réalisé de telle manière qu'on sentait qu'il s'agissait de plus qu'un simple développement. Vous avez eu le sentiment que le passé d'Ed et d'Al faisait partie de l'histoire et que leur passé a aidé à régler certains des problèmes qui nous ont été signalés jusqu'à présent. Tout s'est enchaîné et, bien que ce soit un détour évident, on a eu l'impression que cela s'inscrivait dans le rythme naturel de la série !