Magical Girl Site (Mahou Shoujo Site) est une série toujours en cours de parution au Japon, et qui a connu cinq tomes à ce jour aux éditions Akita Shoten. Elle partage de nombreux éléments avec la saga Magical Girl of the End, mais leur lien scénaristique demeure encore très flou à ce stade de lecture. La jeune Aya Asagiri subit les pires humiliations au collège, et la situation n'apparaît guère plus enviable chez elle : En effet, son grand frère ne cesse de la torturer pour évacuer le stress dû aux attentes que ses parents placent en lui. Au bord du gouffre, Aya pense au suicide, c'est alors que son ordinateur va se connecter de lui-même à un étrange site internet : Magical Girl Website. Un personnage lui indique qu'elle a été choisie pour devenir une Magical Girl. Le lendemain, elle découvre une baguette magique dans son casier au collège. Une baguette qui prend rapidement la forme d'un pistolet, et qui a le pouvoir de téléporter ses agresseurs ou plutôt ses victimes. Peu expérimentée, l'adolescente ne sait pas encore bien contrôler ses pouvoirs, et les premiers essais se montreront particulièrement sanglants. Heureusement, Tsuyuno Yatsumura, une autre Magical Girl qui a le pouvoir d'arrêter le temps, la prendra sous son aile. Cette camarade de classe, elle aussi bien solitaire, semble en savoir beaucoup sur le fonctionnement des baguettes et sur leur consommation énergétique. Une alliée qui tombe bien pour Aya, car beaucoup de questions demeurent en suspens sur Tempest, l'administratrice du Magical Girl Site, mais aussi sur l'origine des baguettes magiques. Et surtout, quel est donc ce mystérieux compte à rebours qui annoncerait rien de moins que l'Apocalypse ?

Alors qu'Aya et Yatsumura sont toujours à l'hôpital, une trace de leur dernier combat avec Shizukume, une nouvelle Magical Girl arrive en ville et elle semble en savoir beaucoup sur la personne qui leur a confié leurs pouvoirs. Les Magical Girls naissent des malheurs des gens et n'apportent rien de bon à la société. Le rythme monte progressivement et au contraire de la série Magical Girl of the End (qui est encore plus barrée), les héroïnes semblent avoir gardé le sens des réalités et commencent à s'interroger sur leur désir de vengeance, à tel point que le germe de la discorde semble s'être développé. Pendant ce temps, l'administratrice continue à jouer sa partition. Les événements actuels auront-ils des répercussions avec la série Magical Girl of the End ? Le dessin coloré et presque shojo apparaît en total décalage avec la tonalité des événements. D'une manière générale, l'action est davantage posée néanmoins.