Évoluant dans un univers gothique assez étrange, Pandora Hearts met en scène le jeune Oz Vessalius, 15 ans, héritier d’un des quatre grands duchés du pays. Alors que se prépare la cérémonie de passage à l'âge adulte, Oz se sent attiré par une monstre à goussets, attachée à une mystérieuse tombe, et est en proie à de mystérieuses visions, qui semblent pour le moins réels. Le jour de la cérémonie, des individus masqués s'invitent à la fête et enlèvent Oz. Désormais dans l'Abysse, un monde sombre et loin de tout, il a été condamné pour un crime dont il ignore tout. Après être sorti de l'Abysse, Oz est recueilli chez les étranges Rainsworth, en réalité membres de l'organisation Pandora. Depuis sa virée en dehors du temps et de l'espace, Oz retrouve un monde qui pour le moins changé. Plus inquiétant, un tatouage est apparu sur le torse d'Oz, représentant le cadran d'une horloge. Lorsque l'aiguille aura fait un tour complet, ce dernier sera propulsé au plus profond de l'abysse. Nous n'en sommes pas encore là cependant, l'aiguille avançant très doucement pour le moment. Mais Gilbert prend conscience que la fin d'Oz se précise.

Afin de protéger Lady Sheryl, le duc a simulé la destruction de la clé des Rainsworth, privant momentanément ces derniers de leurs pouvoirs. Le chef des Baskerville entend se venger, et a l'intention de remonter dans le temps pour modifier le passé. Xerxes parvient à le rattraper, mais toutes les tentatives pour empêcher son funeste projet s'avère être des échecs. Glen parvient malgré tout à créer une brèche pour qu'Oz vienne le rejoindre. Pendant ce temps, Cheshire a trouvé un moyen de bloquer Glen dans l'espace-temps, plus exactement à l'époque de la tragédie de Sablier. Cela sera doute l'occasion d'aborder l'ultime combat de la série ...