Stargate Universe est ce qu'on appelle un spin off (ou dérivé) de la série Stargate SG-1. Il s'agit même de la seconde déclinaison après Atlantis, dont nous sommes d'ailleurs toujours sans nouvelle du prochain téléfilm. Bref, le programme met en scène une toute nouvelle équipe. On y retrouve le jeune Eli Wallace (David Blue), enrolé dans le projet "Porte des Etoiles", après avoir résolu un problème mathématique vieux de plusieurs milliers d'années, écrit dans une autre langue et caché dans un jeu vidéo (!) et le professeur Nicolas Rush (Robert Carlyle), employé sur la base Icare, où se trouve l'énergie nécessaire à l'utilisation du neuvième chevron de la porte des étoiles. Lors de l'attaque de la base, le professeur Rush voit sa dernière chance de composer l'adresse à neuf chevrons et réussit, grâce au jeune Eli, à ouvrir un vortex stable.

Le vortex débouche sur le Destinée, un vaisseau des anciens, qui aurait jadis servi à explorer les frontières de l'univers, et aurait assister un second vaisseau chargé d'implanter des portes des étoiles dans l'univers tout entier.Malheureusement, la planète sur lequel se trouve Icare est détruite, et l'équipe ne peut donc plus retourner sur Terre, errant désorais à des milliards d'années-lumière de la planète bleu. Au commandement du Destinée, nous retrouvons désormais le colonel Everett Young et le professeur Nicolas Rush (Justin Louis), ainsi qu'un groupe de rescapés qui va devoir maintenir à flot le vaisseau spatial. L'engin est en effet dans un triste état, et certaines fonctions pourraient bien vite tomber en panne, comme l'arrivée d'air par exemple. Ce qui arrivera dans ce Pilote composé en réalité des trois premiers épisodes de la série.