Bowser a volé une baguette magique et l'a utilisé pour capturer Mario et Luigi. La Princesse Peach, investit d’une mission de sauvetage audacieuse, se met en route pour le château de Bowser sur l'île des émotions. C’est alors qu’à peine arrivée, elle se rend compte qu’elle est affectée par la magie de l'île et peut transformer ses émotions en armes puissantes pour l’aider dans sa quête.

Peach dispose en plus de ses formidables pouvoirs émotionnels, d’une ombrelle magique bien utile. Au début du jeu, l’ombrelle est uniquement utilisée pour cogner les ennemis un peu trop proches et les engloutir pour régénérer la jauge émotion de Peach. Par la suite, Peach pourra également utiliser les pièces récupérées à travers les niveaux pour acheter au magasin de Toad des améliorations pour sa fidèle arme et permettre à son ombrelle de lancer des boules de feu, d’être utilisée comme un bateau … et bien davantage encore.

Super Princess Peach est un jeu de plate-forme 2D classique aux mondes haut en couleurs et aux ennemis semblables à ceux rencontrés dans la série des Super Mario Bros. Cependant Peach a quelques pouvoirs émotionnels dans son sac. Les joueurs peuvent, en utilisant l’écran tactile de la Nintendo DS, utiliser ces émotions pour interagir avec l’environnement. La Joie créé un petit tourbillon de bonheur que Peach peut utiliser soit comme une arme soit pour lui permettre d’atteindre des plates-formes précédemment inaccessibles. Lorsqu’elle est poussée à bout, notre héroïne peut utiliser sa Colère pour enflammer les ennemis ou des barrières en bois. Elle peut également utiliser Tristesse pour s’effondrer en larmes et arroser des plantes qui n’attendent que cela pour pousser ou bien pour devenir momentanément invincible. Pour finir, lorsque les choses deviennent un peu trop risquées, les joueurs peuvent utiliser la capacité Calme de Peach pour prendre un temps mort et régénérer sa jauge de vie.