Shojo de son état, l'Académie Alice narre les aventures de Mikan et Hotaru, deux jeunes filles élevées ensembles dans un petit village à la campagne, et meilleures amies du monde. Mais un jour, Hotaru change soudainement d'école pour intégrer une académie à Tokyo. Mikan décide de suivre Hotaru et se retrouve devant l'Académie Alice. Celle-ci est une école élitiste, où n'est admis qu'un genre très particulier de surdoués. En effet, les élèves possèdent des pouvoirs spéciaux appelés Alice, et il leur est interdit de sortir de l'école ou de communiquer avec leurs proches. C'est donc le début d'une comédie scolaire pleine de magie, où Mikan va devoir trouver le moyen de pénètrer dans l'école. Reste à savoir si elle aussi possède un quelconque don, et heureusement pour elle, c'est le cas. Mikan et Hotaru vont pouvoir se retrouver, mais Mikan n'imaginait pas que rentrer à l'Académie Alice signifiait se couper du monde extérieur. Fort heureusement, le courrier est toujours toléré. Arrivé en classe, Mikan va devoir être guidé dans l'école par Natsume. Seul problème, ce dernier porte un masque de chat annulant tous ses pouvoirs, après avoir subit la zizanie auparavant ...