Naruto est en proie à son côté obscur qui a décidé de faire reparler de lui. Rappelons que durant son enfance, il a scellé en lui un démon. Mais avec l'aide de Killer Bee, il parviendra à retrouver la sagesse, et partira sur la route du Rite de Purification. Le lieu sacré est dissimulé derrière la cascade de la vérité, où il s'apprête à affronter le fameux renard à neuf queues. La rencontre s'annonce palpitante, même si Naruto semble favori dans ce match. Il faudra bien compter sur ses nouveaux pouvoirs face au conflit qui s'ouvre. La coalition menée par les Shinobis devra d'ailleurs lutter contre des revenants, plus exactement des ninjas d'élite ramenés à la vie. Pour ne rien arranger, tous ces ninjas sont comme envoutés par le malin, ce qui promet de multiples affrontements à venir. La première bataille mettra d'ailleurs en scène le 1er bataillon dirigé par le commandant Darui face aux frères Kinkaku et Ginkaku, deux ninjas légendaires du village caché des Nuages. L'issue semble bien incertaine ...

Naruto est attendu d'urgence pour aider ses ennemis. Pour l'attirer dans un piège et conscient des nouvelles facultés de son ennemi, Madara a lancé les Zetsu Blancs qui cause une certaine confusion dans les champs de bataille. Mais Naruto est en mesure de détecter les ennemis facilement, et parvient sans trop de difficulté à destination. La situation n'est pas plus apaisée du côté de Gaara et Onoki, qui devront affronter les anciens Kage. Naruto et Bee vont poursuivre leur route pour mettre au fin à ce conflit, cependant ils devront combattre un duo de taille, composé par Itachi et Nagato ! Ramené à la vie par Aktasuki, l'ancien Mizukage a réussi à percer la défense de Gaara, et malgré le renfort d'Onoki, la situation n'a jamais semblé aussi compliquée. Quant à Naruto, le voici désormais face à Madara, tandis que ses clones sont déployés sur tous les fronts.