L'histoire prend ses prémices dans un lointain futur, en 2372 pour etre exact. La situation géopolitique a pour le moins changé, car on retrouve à la tete de la Terre, le Président du gouvernement mondial. En ce jour donc, une sonde spatiale revient sur la planète Bleue, accompagnée d'un message extraterrestre. Mais la population n'est pas mise au courant, les intentions des ET n'étant pas connues. Bien vite la situation va évoluer : les Aliens sont des ennemis et un conflit important va commencer. Afin de garder l'avantage, le gouvernement lance un programme top secret de droides. L'objectif est de greffer des cerveaux humains sur des machines surpuissantes, cela pour disposer d'une armée surpuissante.

16 ans après en 2388, Mika, une jeune orpheline, apprend que son père aujourd'hui supposé disparu, a fait parti de cette armée. Elle va donc tout faire pour le retrouver. Mais ce ne sera qu'en 2396 que Mika pourra partir dans l'espace, à bord du vaisseau le Conquistador. Le temps a passé, n'est-il pas trop tard pour se lancer à la rechercher d'un fantome ?