Madden NFL 2006 reste proche de son prédecesseur au niveau des modes de jeu. Cependant EA a inclut quelques nouveautés comme l'option Franchise pour la première fois disponible sur une console portable, mais aussi un tout nouveau système de courses, de passes et de coup de pied utilisant l'écran tactile. Un écran tactile qui est également sollicité pour élaborer ses stratégies, bref son utilisation a été renforcé, certains devraient en prendre de la graine.


Techniquement Madden 2006 est plus propre que le 2005. Cela manque encore de finesse mais la progression est constante, et les animations sont réussies faisant preuve d'une très grande fluidité. La jouabilité est assez instinctive et permet quelques actions passionnantes. Reste que la caméra n'est pas toujours habilement positionnée mais on s'y fera. Le jeu est également équipé d'un mode multijoueur à quatre simultanément, qui demande cependant une cartouche par joueur. L'IA est globalement de qualité et la trame sonore s'en sort bien. Notons pour finir cinq mini-jeux exclusifs à cette version DS.